为应对新冠肺炎疫情，香港、澳门宣布自4月5日起调整港珠澳大桥各自口岸通关服务时间。
香港特区政府当日发布的公告指出，为乘搭过境巴士或穿梭巴士的人士提供的旅检大楼清关服务时间缩短至每日上午10时至晚上8时，私家车清关服务时间缩短至每日上午6时至晚上10时。货物清关服务时间则不受影响，维持每日24小时运作。
澳门海关当日表示，澳门口岸珠澳旅检大厅通关时间缩短至上午10时至晚上8时。出入境车道由全天24小时通关调整为上午6时至晚上10时。港澳旅检大厅通关时间由全天24小时通关调整为上午10时至晚上8时。
澳门海关表示，恢复原通关时间安排将根据疫情防控情况再作决定。澳门特区政府将密切留意疫情发展，及时采取有关应对措施，如有最新措施将尽快对外公布。
为尽量减少跨境人流并集中资源做好口岸防疫工作，香港特区政府、澳门特区政府以及珠海市政府经商讨后，同意同步缩短港珠澳大桥三方口岸的旅客清关服务时间。